Eski adı Halikarnassos olan Bodrum’un tarihi Akdeniz ile Ege’nin birleştiği noktada olmasından ötürü çok eskiye dayanmaktadır. Muğla ile Aydın’ın bir kısmını içine alan bölgeye Antik Çağ’da Karia denilmiştir. Yörenin yerli halkı Karlar ve Leleglerdir. Kıyıdan içeride, yüksek tepeler üzerinde kurdukları ve etrafını surla çevirdikleri köylerde yaşamışlardır.
Antik Halikarnassos, iki limanın ortasında olan ve bugünkü kalenin bulunduğu alan ile onun arkasındaki Göktepe’nin çevresinde kurulmuştur. Nitekim burada yapılan araştırma ve temel kazıları antik kentle ilgili birçok buluntuyu ortaya çıkarmıştır. Vitrivirus, Halikarnasso’un topografik bir tanıtımını yaparken kenti tiyatro caveasına benzetmiştir. Bu arada kentin sağındaki tepe üzerinde Afrodit ile Hermes Tapınağı’ndan söz etmiştir. Günümüzde bu yer limanın batısındaki Cafer Paşa Türbesi ile Türk mezarlığının olduğu yerdir. Kentin doğusunda Maussollos’un sarayı bulunmaktadır. Bugünkü Tepecik Camisi’nin yakınında iç limanın bulunduğu sanılmaktadır. Maussollos’un sarayından gizli bir dehlizle ulaşılan gizli limanın yeri bugün tartışmalıdır. Tepecik Camisi’nin arkasındaki tepede ise Savaş Tanrısı Mars‘ın (Ares) kutsal alanı, tapınağı ve Timetos’un yaptırdığı Mars’ın anıtsal heykeli vardı. Bunlardan günümüze hiçbir kalıntı ve buluntu gelememiştir.
Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi‘nde bulunan eserler yöredeki yerleşimin M.Ö 5000 yıllarına kadar indiğini göstermektedir.Ayrıca buradaki buluntular, yörenin yüzyıllar boyunca Ege adalarından kaynaklanan çeşitli istilalara uğradığını, farklı uygarlıkların da birbirini izlediğini işaret etmektedir. Bunun yanı sıra son yıllarda Bodrum’a çok yakın olan Çömlekçi, Yalıkavak ve Müskebi’de ortaya çıkarılan mezarlar ve onlara ait buluntular Myken’lerin de burada yaşamış olduklarına işaret etmiştir.
Halikarnassos’lu Tarihçi Heredotos (M.Ö.484-425) “Karyalılar anakaraya adalardan gelmiştir” diyerek kentin kuruluşunu İon kolonistlere bağlamıştır. Heredotos, Mora Yarımadası’nın (Peleponnesos) doğusundan, Trozien’den gelen Dorlar tarafından kurulduğunu söyleyerek ilk gelenlerin bugünkü Bodrum Kalesi‘nin olduğu yerde batı rüzgârı anlamındaki Zephyros Adası’na yerleştiklerini, kıyı boyunda tutunduklarını sözlerine eklemiştir. Yörede yaşayan gerçek halk, Karyalılar ile Leleglerdir.
Homeros da İlyada destanında, yörenin yerli halkı olan Karyalıların Troialı’lar ile birlikte Yunanistan’dan gelenlere karşı savunduklarını dile getirmiştir.
Halikarnassos Dor Kolonistleri’nin kurduğu Dor Birliği’nin, Knidos, Kos, Lindos, Kmiros ve İasos’dan sonra altıncı üyesidir. Ancak birliğin merkezi olan Knidos’ta Apollon onuruna düzenlenen oyunlarda kazandıkları üç ayaklı bronz kazanı tapınağa sunmadıklarından, Tanrı Apollon’a yapılan bir saygısızlık sayılmış ve birlikten çıkarılmıştır. Bunun üzerine Halikarnassos İonlara daha yakın olmuş ve M.Ö.V.yüzyılda siyasal ve ekonomik yönden bir İon kenti görünümünü almıştır.
M.Ö.VI.yüzyılın başlarında Karya’nın tümünde olduğu gibi Halikarnassos da Lydialıların egemenliğini tanımak zorunda kalmıştır. Bunu izleyen yüzyılda ise Karialılar, Lydialılar ve Mysialılar birbirlerini kardeş kavim saymışlardır. Perslerin Lydiayı ele geçirmesi üzerine diğer batı Anadolu kentleri gibi Halikarnassos da onların egemenliğini kabul etmiştir.
Persler Anadolu’da egemenlikleri altına aldıkları kentlerde kendilerine bağlı hükümdar sülalelerini “Tiran” ismi altında yönetime getirmişlerdir. M.Ö.V.yüzyılın sonlarında Pers Kralı Kserkes’in yanında Halikarnassos tiranı Ligdamis’in kızı Kraliçe I.Artemisia da yer almıştı. Bu sefere Koslular, Nisyroslular ve Kalydonoslular da katılmıştı. Bu arada I.Artemisia, Pers kralına Yunanistan’a karşı bir deniz savaşı yapmasını öğütlemişti. Onun bu isteği yerine getirilmiş ve kraliçenin kendisi de bu sefere katılmıştır.
Halikarnassos’un başına I.Artemisia’dan sonra oğlu Psindalis, ardından da onun oğlu Ligdamis tiran olmuştur. Bu tiranlar tarihte pek ismi geçmeyen silik kişilerdir. II.Ligdamus’un tiranlığında ise Halikarnassos’lular zor günler geçirmişler, baskıcı yönetim altında ezilmişlerdir. Bu arada Heredetos da onun zulmünden bezerek doğduğu yeri terk etmiş, bir süre sonra dönmüştür. Halikarnassos, İonia ihtilaline katılmış M.Ö.468’de Attika-Delos Deniz Birliği’ne üye olmuştur. Tarihi kaynaklardan Halikarnassos’un birlik üyeleri Termera ve Pedesa’dan birliğe daha az ödeme yaptığını öğreniyoruz.M.Ö.V.Yüzyılın başlarında Perslerin bölgeye yeniden egemen oluşundan sonra Anadolu’nun bazı bölümleri Spartalılara ayrılmış, Karya bölgesi de Mylasa’da yaşayan Hekatomnos sülalesinin yönetimine bırakılmıştır. Hekatomnos’un ölümünden sonra da yerine geçen Maussolos, Karya Satraplığının merkezini M.Ö.367’li yıllarda Halikarnassos’a taşımıştır.
Halikarnassos’un savunmasının kolaylığı, ticarete ve denizciliğe elverişli konumu etkisini göstermiş ve kısa zamanda gelişmesine neden olmuştur. Bu arasa Maussollos, çevredeki sekiz Leleg kentinde yaşayanları Halikarnassos’ta oturmaya zorunlu kılmış, Rodos ve Kos’u ele geçirmiş, Lykia’ya egemen olarak vergiye bağlanmıştır. Gelişen ve zenginleşen kenti daha güzelleştirmek amacıyla çağın ünlü mimar ve heykeltıraşlarını Halikarnassos’ta toplamıştır. Maussollos’un kenti korumak amacı ile yaptırdığı 7km. uzunluğundaki Sur Duvarları, limanın etrafında anfitiyatro şeklinde yayılan şehri çepeçevre kuşatmış. Önceleri bir ada iken sonradan anakaraya bağlanan Zephyria denen bölgede kurulmuş olan Kraliyet Sarayı tüm şehri kontrol edecek şekilde yerleştirilmiş. M.Ö. 353’de Maussollos’un ölümünden sonra Halikarnassos, öz kız kardeşi ve aynı zamanda karısı olan Artemisia II tarafindan yönetilmiş. Artemisia’nın kocası Mausollos anısına yaptırdığı 49m. yüksekliğindeki mezar Mausuleum şehrin ortasında ihtişamla yükselmiş ve antik çağın 7 harikasından biri sayılmış. II.Artemisia’nın ölümünden sonra yerine kız kardeşi Ada ile evlenen İderus geçmiş, onun da ölümünden sonra eşi Ada satrap olmuş, ancak daha sonra küçük kardeşi Piksadoros tarafından Halikarnassos’dan sürülmüştür. Daha sonra Pers’li Satrap Othontopates’in yönetimine giren Halikarnassos M.Ö. 334 yılında İskender’in Karia’ya gelmesi ile yerle bir olmuştur.
Büyük İskender, 334’te şehri ele geçirdiğinde Ada’yı şehri yönetmek üzere yeniden çağırmıştır. Bundan sonra şehir M.Ö.129’a kadar bağımsız kalmış daha sonra da M.S. 133 ‘de Roma’nın Asya Eyaletine bağlı küçük bir kent olarak varlığını sürdürmüştür.Ardından da Bizans ve Selçuklu Devletlerinin bir parçası olan Halikarnassos, 1405’te Rodoslu St. John Şövalyelerinin egemenliğine geçmiş. Zephyria’da St. Peter adına yapımına başlanan Kale , 1522’de Osmanlı Devletinin yönetimi sırasında zindan olarak kullanılmış. Halikarnassos 1523 yılında Kanuni Sultan Süleyman’ın Rodos seferi sırasında Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Bodrum, 1770 yılında Rus donanması, 26 Mayıs1915’de Fransıs Duplex zırhlısı tarafından bombardıman edilmiştir. I. Dünya Savaşı sonrasında Bodrum 11 Mayıs 1919 da İtalyanlarca işgal edilmiştir. Kurtuluş Savaşı sırasında İtalyanlar 5 Temmuz 1921 de yöreden çekilerek işgale son vermişlerdir. Cumhuriyetin ilanından sonra da Muğla’ya bağlı ilçe konumuna getirilmiştir.
İlçede bulunan tarihi eserler: Bodrum Kalesi, Boz Kale, Mustafa Paşa Camisi, Tepecik Camisi, Adliye Camisi, Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi, Kale Hamamı, Hacı Molla Hanı, Bodrum Kalesi Şapeli, Bodrum Kümbetleri, Bodrum Yel Değirmenleri ve Türk sivil mimarisi örneklerinden Bodrum’a özgü evleri bulunmaktadır. Ayrıca ilçede; Tavşanburnu Kaplıcası, Karaada Kaplıcası, Fok Mağarası, Koy ve Bükler gibi doğal güzellikleri vardır.
